FR-4等基板の熱伝導率を上げる方法として、極力、放熱面積を広くし、放熱効果を高める方法として、

 １．基板の薄型化、多層化を行う。
 ２．基板の銅箔残存率を高くする。

等が有効かと思います。

更に、放熱効果を高める方法として、サーマルビアが有ります。

これは、表面の熱を熱伝導率の悪い樹脂層の熱抵抗率を下げ、効率よく、内層、裏面へと熱を導くために使用します。

サーマルビアは、基板パターン上に開けた小穴（φ1.0～φ0.3）に銅メッキをした物で、複数個（N個）設けることで、熱抵抗を１/Nに下げる事が出来る。

但し、必要以上に設けても、効果は同じ為、半導体メーカー等では推奨パターン等を開示されているメーカーもありますので、参考にされるとよいと思います。